UFO: Afterlight se déroule sur Mars, où une colonie humaine s'est établie avec l'aide des Réticuliens peu avant les événements narrés dans UFO: Aftershock.

La base martienne est auto-suffisante et offre tout le nécessaire à la survie des humains sur une planète étrangère, à savoir de l'air, de l'eau et de la nourriture. Bien que les habitants cette colonie aient les technologies et le savoir nécessaires pour se développer, la survie élémentaire est leur préoccupation principale. Leur seule activité est la fouille d'un site voisin présentant des preuves de l'existence d'une ancienne race extra-terrestre intelligente et extrêmement développée.

Vous commencez la partie lorsque ces recherches affectent drastiquement tous les habitants de la colonie martienne. De nouveaux ennemis inattendus apparaissent sous forme de robots, construits il y a des siècles par les extra-terrestres inconnus afin de se protéger, et dont l'objectif est d'éliminer toute trace d'autres civilisations sur Mars.