Mark of the Ninja: Special Edition prolonge le jeu de furtivité 2D salué par la critique de nouveaux défis et outils, mais aussi en ajoutant un commentaire des développeurs du début à la fin du jeu. Cette édition spéciale vous encourage à jouer de façon plus originale, à tester de nouvelles techniques et à en savoir plus sur le développement du jeu ou l'équipe qui l'a réalisé. Les nouveaux objets et styles de jeu peuvent être débloqués à partir du premier jeu ou de Nouvelle partie + et les commentaires sont disponibles dans la totalité des modes et des niveaux. Le commentaire sera également disponible dans toutes les langues de Mark of the Ninja grâce à un énorme travail de localisation de la part de volontaires issus de la communauté !